Лично я заменяю только файл hosts, т.к. я уже туда вбил нужные IP. Можно, конечно, тупо скопировать IP в оригинальный hosts, тогда вообще ничего заменять не надо. При замене одного файла вообще может система слететь.
Может у вас происходит замена содержимого папок, а не дополнение файлов.